Метилзависимые ДНК эндонуклеазы – сайт-специфические дезоксирибонуклеазы, взаимодействующие с определенными нуклеотидными последовательностями двухцепочечной ДНК, содержащими метилированные основания, и расщепляющие фосфодиэфирные связи обеих цепей в определенном месте участка узнавания.
В отличие от эндонуклеаз рестрикции разрезают исключительно метилированную ДНК и не режут неметилированную.